药品销售员，基本工资2000，佣金3000多，月薪5000多，产假期间，公司只发了2000，这样合法吗？

根据法律的规定，女职工保护主要包括以下方面：
1、保护女职工的劳动权利。
2、研究职业因素对女性生理机能的影响。
3、安排女职工从事无害女性生理机能的工作。
4、做好女性生理机能中的劳动保护，即“四期保护”。女职工产假期间，无论是用人单位支付产假工资还是女职工享受生育生活津贴，用人单位和女职工本人仍应按规定缴纳社会保险费。用人单位缴纳单位承担的部分，员工个人承担的部分由女职工个人缴纳。关于职工权益女工保护的问题，一般先咨询劳动局，也可以申请劳动仲裁或者直接起诉解决。

法律分析：
1、如果是产假，当然是三个月，按底薪算。计件按过去三个月的平均工资算。
2、如果是病假，所有月薪工人以月薪为计算基准，所有计件工人则以其过去三个月的平均工资为计算基准。但工人所有之工资不低于较低工资的80%，如果低于此标准的，以较低工资的80%计发。
3、国有体制的企业，执行固定工资制度的岗位女性员工，在怀孕期间，因身体原因请假，是不会扣工资的。
4、国有体制的企业，执行基础工资加浮动工资制度的岗位女性员工，在怀孕期间因身体原因请假，基础工资会照发，但会减发浮动工资。
5、私有体制的企业，执行按出勤天数累加工资制度的岗位女性员工，通常就是上班就有当日工资，不上班就没有当日工资，因单位原因而准许在家休息的情况除外。法律依据：《中华人民共和国人口与计划生育法》 第二十五条 符合法律、法规规定生育子女的夫妻，可以获得延长生育假的奖励或者其他福利待遇。
《女职工劳动保护特别规定》 第七条 女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天；难产的，应增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，可增加产假15天。女职工怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；怀孕满4个月流产的，享受42天产假。
《中华人民共和国社会保险法》
第五十三条 职工应当参加生育保险，由用人单位按照国家规定缴纳生育保险费，职工不缴纳生育保险费。
第五十四条 用人单位已经缴纳生育保险费的，其职工享受生育保险待遇；职工未就业配偶按照国家规定享受生育医疗费用待遇。所需资金从生育保险基金中支付。生育保险待遇包括生育医疗费用和生育津贴。
第五十五条 生育医疗费用包括下列各项：
（一）生育的医疗费用；
（二）计划生育的医疗费用；
（三）法律、法规规定的其他项目费用。
第五十六条 职工有下列情形之一的，可以按照国家规定享受生育津贴：
（一）女职工生育享受产假；
（二）享受计划生育手术休假；
（三）法律、法规规定的其他情形。
生育津贴按照职工所在用人单位上年度职工月平均工资计发。

具体是这样的：
1.
如果单位有交社保，以生育津贴作为女职工产假期间的工资。
2.
如果公司为职工缴纳的生育保险费基数低于女职工上年度平均工资收入，那么将导致女职工领取的生育津贴低于其正常出勤期间的工资，公司需要予以差额补足。
3.
如果单位没有交社保，产假期间公司应当按正常出勤发放工资。但公司裁员，平均工资应按照你之前的平均工资计算。