如果没有运营资格证，车辆被交通局扣除，将如何处理

车主处理车辆违章时，需要携带驾驶证和行驶本去车辆违章地或车辆注册地任何一个交警队或行政综合处理大厅可以接受处理。如果违章没有扣分的话，可以直接去工行自助缴费机或网上缴纳罚款即可，也可以在支付宝等缴纳罚款。
但如果有扣分的话，那就必须先去交警队确认违章和扣除分数后，才能缴纳罚款。

车被交警扣了，如果是因为违法行为导致被扣的，那么当事人需要去交警队处理，并缴纳罚款，之后，一般交警就会放车，如果是因为交通事故被扣的，那么一般在检验结果出来后，就会放车。法律依据：《道路交通事故处理程序规定》第三十九条
因收集证据的需要，公安机关交通管理部门可以扣留事故车辆，并开具行政强制措施凭证。
扣留的车辆应当妥善保管。公安机关交通管理部门不得扣留事故车辆所载货物。对所载货物在核实重量、体积及货物损失后，通知机动车驾驶人或者货物所有人自行处理。无法通知当事人或者当事人不自行处理的，按照《公安机关办理行政案件程序规定》的有关规定办理。
严禁公安机关交通管理部门指定停车场停放扣留的事故车辆。

法律分析：道路运输管理机构的工作人员在实施道路运输监督检查过程中，发现没有车辆营运证又无法当场提供其他有效证明的车辆，应当依据该条例第六十三条的规定，对该车辆予以暂扣；并根据该条例第六十九条规定责令改正，处警告或者20元以上200元以下的罚款。法律依据：《中华人民共和国道路运输条例》 第十条 申请从事客运经营的，应当依法向工商行政管理机关办理有关登记手续后，按照下列规定提出申请并提交符合本条例第八条规定条件的相关材料：
（一）从事县级行政区域内客运经营的，向县级道路运输管理机构提出申请；
（二）从事省、自治区、直辖市行政区域内跨2个县级以上行政区域客运经营的，向其共同的上一级道路运输管理机构提出申请；
（三）从事跨省、自治区、直辖市行政区域客运经营的，向所在地的省、自治区、直辖市道路运输管理机构提出申请。 依照前款规定收到申请的道路运输管理机构，应当自受理申请之日起20日内审查完毕，作出许可或者不予许可的决定。予以许可的，向申请人颁发道路运输经营许可证，并向申请人投入运输的车辆配发车辆营运证；不予许可的，应当书面通知申请人并说明理由。 对从事跨省、自治区、直辖市行政区域客运经营的申请，有关省、自治区、直辖市道路运输管理机构依照本条第二款规定颁发道路运输经营许可证前，应当与运输线路目的地的省、自治区、直辖市道路运输管理机构协商；协商不成的，应当报国务院交通主管部门决定。