用人单位购买社保购买最低基数，如果我的工资支付基数不同，是违法的吗？我的工资是5350元，公司帮我买社保扣我406元，合理吗？

可以申请劳动仲裁

协商不成的话可以申请劳动仲裁

社保基数和工资基数不一致违法。公司给员工缴纳社保的流程如下：
1、先在企业的所在辖区开立企业社保帐户；
2、将企业内已参保的员工社保关系转入本企业帐户；
3、在社保缴费首月在社保打印缴费明细单；
4、办理同城委托扣缴社保手续；
5、以后每月只需向社保提交参保人员增加或减少表，政策也经常调整，所以具体所需资料应按所在辖区社保规定办理。
如果是单位给员工办理社会保险，完全由单位经办。员工个人只要出示身份证及其复印件就行。由用人单位的相关人员，如人力资源部门等申报参保后，再由本人携带身份证，去当地的社保部门领取社保卡即可。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
第五条
县级以上人民政府将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。
国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上人民政府对社会保险事业给予必要的经费支持。
国家通过税收优惠政策支持社会保险事业。
第六条
国家对社会保险基金实行严格监管。
国务院和省、自治区、直辖市人民政府建立健全社会保险基金监督管理制度，保障社会保险基金安全、有效运行。
县级以上人民政府采取措施，鼓励和支持社会各方面参与社会保险基金的监督。