如何处理用人单位恶意扣除员工工资？

公司恶意扣除员工工资的处理办法如下：
1、劳动者因被扣除工资发生争议时，应先向用人单位提出支付的要求，主动与用人单位沟通协商
2、在劳动争议发生后，劳动者可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解
3、在无法与用人单位协商或者经协商仍无效时，劳动者可以在劳动关系终止之日起1年内提起仲裁。
劳动者在拖欠工资的维权中需注意什么
1、要确认和单位之间的劳动关系的事实，如工资单，考勤记录，工作过程中的文件记录；
2、确认劳动关系后，对于单位拖欠工资的违法行为，可与老板协商，要求单位补发工资；
3、如果协商不成，带好相关资料到劳动局投诉，或者直接到单位所在地的劳动仲裁委提出劳动仲裁；
4、如果拖欠工资数额比较大的话，可以直接请律师打官司，通过诉讼的方法来要回被拖欠的工资。
：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

法律分析：用人单位恶意克扣劳动者的工资，劳动者有3个途径可以要求支付工资：
1、可以到当地人力资源和社会保障局劳动监察投诉；
2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求全额支付工资, 如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资, 如果是以克扣工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金 ;
3、有欠条的，可以直接起诉到法院，要求支付欠条里的工资数额。法律依据：《中华人民共和国劳动法》 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》 第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的;
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
《中华人民共和国劳动合同法》 第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

用人单位扣除劳动者工资应遵循的规定：扣除工资的情形为劳动者本人原因给用人单位造成经济损失；每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%；扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。