医院正式职工休工龄假应该扣工资和绩效工资吗？

一般扣工资会有下面三个情况：
1、出勤天数未达到合同约定的天数，这个要按照基本工资除以应出勤天数再乘以请假天数，得出应扣除的工资；
2、工作期间违反公司规章制度或其他惩罚条例（比如打架、旷工、质量事故等），具体的金额根据公司的规定执行；
3、绩效扣分，一般公司的工资体系里会有绩效工资，也就是拿出一部分工资，根据绩效评价来发放，只有达到满分才能全部拿到，这个具体要参考公司的绩效体系是怎么构筑的；
若企业扣工资没有合法合理的理由，劳动者可以向劳动监察部门投诉，获得自己应得的工资。

用人单位用降底绩效工资的方法，胁迫让主动辞职的，劳动者是可以拒绝写辞职书的，劳动者可以以用人单位无故降低工资为由被迫辞职，并且可以要求用人单位支付其经济补偿金。《劳动合同法》第三十八条用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
(二)未及时足额支付劳动报酬的；
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

你们并没有在劳动合同中约定过绩效工资，而是按照惯例在执行绩效工资的计算。绩效工资的计算方式，属于内部制度。如果要对此进行调整，理论上要通过民主协商的方式确定，单位不能单方面作出调整。
所以，你能够证明你们之前的绩效工资惯例的话，可以通过劳动监察或劳动仲裁的方式，阻止单位对于绩效工资的制度变更，保障自己的权益。