请假三小时扣全勤奖合法吗？

休年假扣全勤奖不合法。根据法律规定，职工累积连续工作一年以上的，依法享受带薪年休假，单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。带薪休假期间视为出勤时间。
法律依据：《职工带薪年休假条例》第二条
机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。
单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
《企业职工带薪年休假实施办法》第十条
用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工休假天数少于应休年休假天数的，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。

休了年休假是不能扣全勤奖的。劳动者在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，休假期间也视为出勤，因此不能扣劳动者的全勤奖。但是如果劳动者休假当月另外有迟到，早退等现象的，则可以按规定来扣。

法律依据：
《职工带薪年休假条例》第二条
机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。
单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
第三条
职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。

国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
第四条
职工有下列情形之一的，不享受当年的年休假：
（一）职工依法享受寒暑假，其休假天数多于年休假天数的；
（二）职工请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的；
（五）累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的。

休年假不会扣全勤奖。全勤奖的发放前提为劳动者在公司规定的上班时间内未出现迟到、早退、旷工、病事假等情形，为了激励劳动者而给予的一种奖励。而休带薪年休假是法律规定给劳动者的权利，是劳动者的合法休假。
法律依据：《职工带薪年休假条例》第五条
单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。
年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。
单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。