借条经双方协商一致后修改的,修改后的借条有效。借条被一方擅自修改,如果修改部分对借条构成实质性的影响的,修改的部分无效。《民法典》第五百四十三条 当事人协商一致可以变更合同。第一百五十六条规定,
民事法律行为部分无效,不影响其他部分效力的,其他部分仍然有效。第五百四十四条 当事人对合同变更的内容约定不明确的,推定为未变更。法律依据:《民法典》第一百五十六条民事法律行为部分无效,不影响其他部分效力的,其他部分仍然有效。第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效:
(一)行为人具有相应的民事行为能力;
(二)意思表示真实;
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定,不违背公序良俗。第一百五十三条违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是,该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。