公司一直在扣五险一金，但最近才发现公司根本没交

【法律分析】
公司未给员工交五险一金，员工可申请劳务仲裁或是向当地社保部门投诉。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第六十条 用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。
职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。
第六十三条 用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足。用人单位逾期仍未缴纳或者补足社会保险费的，社会保险费征收机构可以向银行和其他金融机构查询其存款账户；并可以申请县级以上有关行政部门作出划拨社会保险费的决定，书面通知其开户银行或者其他金融机构划拨社会保险费。
用人单位账户余额少于应当缴纳的社会保险费的，社会保险费征收机构可以要求该用人单位提供担保，签订延期缴费协议。用人单位未足额缴纳社会保险费且未提供担保的，社会保险费征收机构可以申请人民法院扣押、查封、拍卖其价值相当于应当缴纳社会保险费的财产，以拍卖所得抵缴社会保险费。

需要扣的。五险一金，单位需要承担一部分，这部分从单位银行账户中直接扣除，员工也需要承担一部分，从员工工资中扣除。单位每月需要为员工申报正确的五险一金缴费基数，以确保五险一金的正常缴纳。
五险一金的缴费基数以员工上年度平均工资或入职首月工资为准。法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第五十八条 用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。
未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。
国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。

先与单位进行协商，询问原因并要求其补缴，如果协商过后仍然不缴纳，就到单位所在地，区级劳动仲裁委员会申请仲裁，提出让单位补缴、缴纳五险一金的主张。五险一金是由用人单位和员工共同缴纳的，所以由员工缴纳的部分就直接从工资里面扣除。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第五十八条 用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。
自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。国家建立全国统一的个人社会保障号码。
个人社会保障号码为公民身份号码。