没有登记结婚证，有了孩子，但是已经分居多年了。抚养孩子的女方现在可以起诉男方吗？

没有结婚证男方起诉到法院，如果男女双方在是1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，已经符合结婚实质要件的，法院应当受理，女方应当积极应诉。如果是实施以后的，人民法院不予受理。
法律依据：
《最高人民法院关于适用婚姻家庭编的解释（一）》第三条 
当事人提起诉讼仅请求解除同居关系的，人民法院不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。
第七条 
未依据民法典第一千零四十九条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，提起诉讼要求离婚的，应当区别对待：
（一）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
（二）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其补办结婚登记。未补办结婚登记的，依据本解释第三条规定处理。

没有结婚证但有孩子，如果男女双方在是1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，已经符合结婚实质要件的，可以向人民法院起诉离婚。如果是实施以后的，只能由男女双方协商解除同居关系。
法律依据：
《最高人民法院关于适用婚姻家庭编的解释(一)》第三条 
当事人提起诉讼仅请求解除同居关系的，人民法院不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。
第七条 
未依据民法典第一千零四十九条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，提起诉讼要求离婚的，应当区别对待：
(一)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
(二)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其补办结婚登记。未补办结婚登记的，依据本解释第三条规定处理。

没有结婚证但有孩子的情况下，若当事人在是1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，已经符合结婚实质要件的，可以向人民法院起诉离婚。如果是实施以后的，只能由男女双方协商解除同居关系。法律依据：《最高人民法院关于适用婚姻家庭编的解释（一）》第三条 
当事人提起诉讼仅请求解除同居关系的，人民法院不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。
第七条 
未依据民法典第一千零四十九条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，提起诉讼要求离婚的，应当区别对待：
（一）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
（二）1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其补办结婚登记。未补办结婚登记的，依据本解释第三条规定处理。