儿子是农村户口，户口和母亲在一起，父亲没有户口簿，没有出生证明，现在死了，如何证明他和父亲的父子关系？

户口不在一起，想证明是亲生父子关系，方法有：最有效、最直接的办法是：子女和父、母一起做亲子鉴定，合法鉴定机构的鉴定结论是最权威的证明。
还可以子女的出生证明来证明：出生证明上一般都填写有父母、子女的姓名、年龄、性别等，而且是医院在子女出生的当时发给，证明力也较强。
如果当事人有法律依据：《出生医学证明》的，可以以此来证明当事人和父亲之间，存在父子关系；如果当事人出生年代较早，不能提供《出生医学证明》的，当事人可以去户口原籍地的村委、居委等部门，让对方出具证明。
也可以当事人写一份亲子关系证明后，再让户口原籍地的邻居出面佐证；当事人具体可咨询要求提供亲子关系证明的派出所工作人员，依对方的提示办理。

父女关系的证明可以提供身份证、出生证明等相关文件进行证明。
一般情况下，父子或父女关系的证明，可以到当地派出所开具证明。
如果派出所没有相关记录，可以通过以下方式证明：
1、有出生证明的，可以用出生证证明关系；
2、由村委会或居委会开具相关证明；
3、亲子鉴定。
另外，如果父子或父女在同一户口本上的，可以拿着你的户口本原件及户主以及母亲和你的相关内容页复印件，就能证明你们之间的血亲关系。
而有些地方会要求写一个纸质的亲属关系证明，你按照证明的一般格式来写就可以了。
法律依据：《中华人民共和国户口登记条例》第七条 婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。
弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。
第八条 公民死亡，城市在葬前，农村在一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向户口登记机关申报死亡登记，注销户口。公民如果在暂住地死亡，由暂住地户口登记机关通知常住地户口登记机关注销户口。
公民因意外事故致死或者死因不明，户主、发现人应当立即报告当地公安派出所或者乡、镇人民委员会。
第十九条 公民因结婚、离婚、收养、认领、分户、并户、失踪、寻回或者其他事由引起户口变动的时候，由户主或者本人向户口登记机关申报变更登记。
第二十条 有下列情形之一的，根据情节轻重，依法给予治安管理处罚或者追究刑事责任：
（一）不按照本条例的规定申报户口的；
（二）假报户口的；
（三）伪造、涂改、转让、出借、出卖户口证件的；
（四）冒名顶替他人户口的；
（五）旅店管理人不按照规定办理旅客登记的。

死亡人与亲属关系证明书写内容包括以下：
1、法定继承人证明，需要继承人凭身份证 ， 户口本，婚姻情况证明，和被继承人到死者生前户籍 所在地居委会或者村委会，先开具亲属关系证明；
2、再凭以上证件和书面材料，到死者生前户籍所在地户籍管理派出所，开具继承人与被继承人之间的亲属关系，加盖派出所户籍管理公章。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一千一百二十六条
继承权男女平等。第一千一百二十七条 遗产按照下列顺序继承：
（一）第一顺序：配偶、子女、父母；
（二）第二顺序：兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。继承开始后，由第一顺序继承人继承，第二顺序继承人不继承；没有第一顺序继承人继承的，由第二顺序继承人继承。