请问公司扣发员工补助违法吗

单位没有正当理由而扣发工资是不合法的。除单位为员工代缴社保费用、代缴个税等情形外，单位不能随意克扣员工的工资，否则员工可依法申请调解、或者申请仲裁。法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

不可以随便扣除岗位津贴。岗位津贴属于工资的组成部分，随意克扣员工工资劳动者可以解除劳动合同并且要求公司支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

补贴津贴如果是单位按照国家规定统一发给职工的，一般不需要缴纳个人所得税。该项所得是免征个税的。但如果是单位主动发给职工的，被包括在工资总额内的津贴补贴，则需要按照工资、薪金所得来纳税。法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第四条
下列各项个人所得，免征个人所得税：
（一）省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
（二）国债和国家发行的金融债券利息；
（三）按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
（四）福利费、抚恤金、救济金；
（五）保险赔款；
（六）军人的转业费、复员费、退役金；
（七）按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、基本养老金或者退休费、离休费、离休生活补助费；
（八）依照有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
（九）中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
（十）国务院规定的其他免税所得。