处理建筑工程挂靠纠纷的方式是:应按照平等互利、协商一致的原则加以协商处理;协商不成时,可以根据建筑工程挂靠
合同的约定交由指定机构进行仲裁;仲裁仍未解决的,可以向建筑工程所在地的人民法院提起诉讼。法律依据:《仲裁法》第二条
平等主体的公民、
法人和其他组织之间发生的
合同纠纷和其他财产权益纠纷,可以仲裁。
《民事诉讼法》第一百二十五条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷,适宜调解的,先行调解,但当事人拒绝调解的除外。
《
民法典》第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的,应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等
违约责任。