本公司将我休产假期间发放的所有工资都从生育补贴中扣除，这是否合法？

您好。生育津贴是归属于劳动者本人，公司的行为违法，建议到劳动部门投诉或直接申请劳动仲裁

法律分析：公司在产假期间支付了工资，可以从生育保险基金支付的生育津贴中扣除。法律依据：《女职工劳动保护特别规定》 第八条 女职工产假期间的生育津贴，对已经参加生育保险的，按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付”。女职工产假期间，公司参加了生育保险的，支付的工资属于先行垫付，从社会保险机构支付的生育津贴中扣回，符合法律规定。

产假期间公司发放的工资和社保局发放的生育津贴不能同时享受。生育津贴的计算方法为：月缴费工资／30天×产假天数；如果单位有交社保，产假期间企业无需向职工支付工资，而是由公司凭女职工的生育凭证，到生育保险基金处为其申请生育津贴，以生育津贴作为女职工产假期间的工资。
但是，若企业为职工缴纳的生育保险费基数低于女职工上年度平均工资收入，那么将导致女职工领取的生育津贴低于其正常出勤期间的工资，企业需要予以差额补足；如果单位没有交社保，产假期间公司应当按正常出勤发放工资。法律依据：《女职工劳动保护特别规定》第四条　用人单位应当遵守女职工禁忌从事的劳动范围的规定。用人单位应当将本单位属于女职工禁忌从事的劳动范围的岗位书面告知女职工。
女职工禁忌从事的劳动范围由本规定附录列示。
国务院安全生产监督管理部门会同国务院人力资源社会保障行政部门、国务院卫生行政部门根据经济社会发展情况，对女职工禁忌从事的劳动范围进行调整。
第七条　女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天；难产的，应增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，可增加产假15天。
女职工怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；怀孕满4个月流产的，享受42天产假。