在工厂工作后，身体有囊肿可以向工厂申请赔偿

就工伤问题进行赔偿时，可以先行申请确认工伤，接着双方进行协商确认赔偿也可以。

劳动者申请工伤赔偿，应按照以下流程：用人单位将劳动者送往医疗机构治疗；用人单位自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内申请工伤认定；工伤职工经治疗伤情相对稳定后申请劳动能力鉴定；携带工伤认定决定书、劳动能力鉴定书等资料申请工伤保险待遇。法律依据：《工伤保险条例》第十七条
职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

员工在工厂上班生病有没有赔偿，需视情况而定：
1、如果属于职业病的，则可认定为工伤，工厂需要进行赔偿；
2、如果不属于职业病的，员工可以请病假，则不需要赔偿。
工伤鉴定程序怎么走
工伤鉴定程序如下：
1、工伤职工或者其用人单位应当及时提出劳动能力鉴定申请；
2、工伤职工伤情相关科别的专家组成专家组进行鉴定；
3、根据专家组的鉴定意见作出劳动能力鉴定结论；
4、作出鉴定结论之日起20日内将劳动能力鉴定结论及时送达工伤职工及其用人单位，并抄送社会保险经办机构。法律依据：《工伤保险条例》第六十二条
用人单位依照本条例规定应当参加工伤保险而未参加的，由社会保险行政部门责令限期参加，补缴应当缴纳的工伤保险费，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，处欠缴数额1倍以上3倍以下的罚款。
依照本条例规定应当参加工伤保险而未参加工伤保险的用人单位职工发生工伤的，由该用人单位按照本条例规定的工伤保险待遇项目和标准支付费用。
用人单位参加工伤保险并补缴应当缴纳的工伤保险费、滞纳金后，由工伤保险基金和用人单位依照本条例的规定支付新发生的费用。