自动离职合同应该按下列方式进行处理:
1、用人单位需对该劳动合同的文本至少保存二年备查;
2、若是劳动者违法离职,给单位造成损失的,用人单位可以要求劳动者承担赔偿责任。法律依据:《
中华人民共和国劳动合同法》第五十条
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明,并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定,办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的,在办结工作交接时支付。
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本,至少保存二年备查。
第九十条
劳动者违反本法规定解除劳动合同,或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制,给用人单位造成损失的,应当承担赔偿责任。