学校多次以各种明目克扣教师工资，还故意为难老师，并以停课扣工资的方式进行惩罚，合理么

如果老板乱扣工资，可以申请劳动仲裁，寻求劳动仲裁解决，也可以依法向当地人民法院申请支付令。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十九条规定：申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。
仲裁申请书应当载明下列事项：
（一）劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位、住所、通讯地址和联系电话，用人单位的名称、住所、通讯地址、联系电话和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务；
（二）仲裁请求和所根据的事实、理由；
（三）证据和证据来源，证人姓名和住所。
《劳动合同法》第三十条规定：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

无故克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬)。　　无故克扣工资不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地的最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。　　有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;　　
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;　　
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。