上班三个月扣1000元合法吗？

法律分析：有些情况下，用人单位是可以扣钱的，用人 单位可以代扣劳动者以下钱： (l)用人单位代扣代缴的个人所得税；
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。法律依据：《中华人民共和国民法典》
第四百三十七条　劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第四百五十条　用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
第四百七十七条　劳动者合法权益受到侵害的，有权要求有关部门依法处理，或者依法申请仲裁、提起诉讼。
第四百七十八条　工会依法维护劳动者的合法权益，对用人单位履行劳动合同、集体合同的情况进行监督。
用人单位违反劳动法律、法规和劳动合同、集体合同的，工会有权提出意见或者要求纠正；劳动者申请仲裁、提起诉讼的，工会依法给予支持和帮助。

法律分析：这是违法行为，如果用人单位有相关规章制度明确出勤办法，可以按制度扣款，但每月扣款不得超过员工月工资的20%。劳动者可以就用人单位违法行为去当地劳动监察大队投诉，或者去劳动争议仲裁部门申请仲裁。法律依据：《中华人民共和国劳动仲裁法》 第六条 发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果

这是违反劳动法，可以向该单位主管领导反映，没有解决，可以直接到当地劳动就业局仲裁委员会提交诉状请求解决。法律依据：