工厂口头上说，工作满一年的第一个月，保底工资3500元，现在因为身体不好不做。现在老板按照记录计算了几个月的工资。第一个月发了3500元，现在扣除了记录。这合法吗？

若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。

拖欠或扣发工资，职工可以和单位协商解决。
协商不成的，职工可以向当地的区县级劳动仲裁院（劳动仲裁院设在人力资源社会保障局）申请仲裁，要求补发工资。

法律分析：保底工资是工人在工厂工作时，一般采用工作底薪加奖励。特殊情况下因一些非人为原因未能按时完成定量工作内容时，未能拿到全勤工时，且上班天时明显不够的情况下，公司采取的一种维持员工正常生活的工薪制度。
1、保底工资不等于固定工资;
2、保底工资一般包括基本工资、岗位工资、绩效工资或计件工资，但一般不包括工龄工资、高温补贴等其他补贴;
3、如工人有事假或无法完成固定任务时，可以取消当月保底工资。
4、理论上来说，请病假、年假、婚假、产假等带薪假，都可以取消保底工资，因为保底工资并非固定工资，带薪假可以按照基本工资发放，但一般都会取消保底工资和全勤奖。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十六条　工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。
《中华人民共和国劳动法》第四十七条　用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。
《中华人民共和国劳动法》第四十八条　国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。第四十九条　确定和调整最低工资标准应当综合参考下列因素： （一）劳动者本人及平均赡养人口的最低生活费用； （二）社会平均工资水平； （三）劳动生产率； （四）就业状况； （五）地区之间经济发展水平的差异。
《中华人民共和国劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十一条　劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。