公司扣了从员工公积金的数额，却一直不给员工缴纳公积金，都持续一年多了。严重违法了吗

公司不给员工缴纳住房公积金是违法的。
用人单位如果不办理公积金登记，或者不为员工设公积金账户，不缴纳公积金的，住房公积金相关管理部门可以责令限期办理，超过日期不办理的，可以进行罚款，罚款数额在一万到五万之间，以上明确表示了企业不缴纳公积金应该承担的后果，如企业在相关政府单位勒令办理之后不予理会而且情节严重的，可以申请法院强制执行。
单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。
对缴存住房公积金确有困难的单位，经本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可以降低缴存比例或者缓缴。
待单位经济效益好转后，再提高缴存比例或者补缴缓缴。
法律依据：《住房公积金管理条例》第十一条 住房公积金管理中心履行下列职责：
（一）编制、执行住房公积金的归集、使用计划；
（二）负责记载职工住房公积金的缴存、提取、使用等情况；
（三）负责住房公积金的核算；
（四）审批住房公积金的提取、使用；
（五）负责住房公积金的保值和归还；
（六）编制住房公积金归集、使用计划执行情况的报告；
（七）承办住房公积金管理委员会决定的其他事项。
《住房公积金管理条例》第二十四条 职工有下列情形之一的，可以提取职工住房公积金账户内的存储余额：
（一）购买、建造、翻建、大修自住住房的；
（二）离休、退休的；
（三）完全丧失劳动能力，并与单位终止劳动关系的；
（四）出境定居的；
（五）偿还购房贷款本息的；
（六）房租超出家庭工资收入的规定比例的。
依照前款第
（二）、
（三）、
（四）项规定，提取职工住房公积金的，应当同时注销职工住房公积金账户。
职工死亡或者被宣告死亡的，职工的继承人、受遗赠人可以提取职工住房公积金账户内的存储余额；无继承人也无受遗赠人的，职工住房公积金账户内的存储余额纳入住房公积金的增值收益。