你好，夫妻有一个残疾的孩子，但是因为双方感情破裂，已经分居好几年了，但是其中女方不同意离婚，请问男方可以起诉离婚吗？

如果不能协议离婚，只有通过诉讼的方式离婚。离婚涉及到子女抚养权的确认，按婚姻司法解释的规定，两周岁以内的子女，原则是由母亲抚养，10周岁以内的子女，从有利于孩子健康成长的角度确定抚养权。
你们的孩子一直随你生活，如果法院判决，由你抚养的可能性较大，对方承担抚养费，其标准为有固定收入的，标准为本人月收入的20-30%承担。离婚还涉及到夫妻共同财产的分割和夫妻共同债务的承担问题，凡在婚姻关系存续期间的夫妻收入，包括动产和不动产的增加，均应为夫妻共同财产，如果双方没有对财产的权属作出书面约定，在离婚时，原则是一人一半。
同时，夫妻共同债务也应一人一半承担。

第三十六条 父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。 　　离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。 　　离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。
哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。 　　第三十七条 离婚后，一方抚养的子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部，负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成时，由人民法院判决。
　　关于子女生活费和教育费的协议或判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或判决原定数额的合理要求。 第三十九条 离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成时，由人民法院根据财产的具体情况，照顾子女和女方权益的原则判决。
　　夫或妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。 　　第四十条 夫妻书面约定婚姻关系存续期间所得的财产归各自所有，一方因抚育子女、照料老人、协助另一方工作等付出较多义务的，离婚时有权向另一方请求补偿，另一方应当予以补偿。
　　第四十一条 离婚时，原为夫妻共同生活所负的债务，应当共同偿还。共同财产不足清偿的，或财产归各自所有的，由双方协议清偿；协议不成时，由人民法院判决。 　　第四十二条 离婚时，如一方生活困难，另一方应从其住房等个人财产中给予适当帮助。
具体办法由双方协议；协议不成时，由人民法院判决。

关于孩子抚养权的问题，不是以个人意志为转移的，如果双方就孩子抚养权问题不能协议解决，那么可以通过诉讼的方式解决。法院会本着对孩子有利的原则进行审判。　以下是法院关于孩子抚养权判决的相关依据：　　
一、两周岁以下的子女，一般随母方生活，母方有下列情形之一的，可随父方生活：　　
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的;　　
(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的;　　
(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。　　
二、父母双方协议两周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。　　
三、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：　　
(1)已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的;　　
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的;　　
(3)无其他子女，而另一方有其他子女的;　　
(4)子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。　　
四、父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或母生活的优先条件予以考虑。　　
五、父母双方对十周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见。　　六，在有利于保护子女利益的前提下，父母双方协议轮流抚养子女的，可行准许。