委托付款三方支付协议合法吗？

委托第三方付款属于合法行为。公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。合同约定向第三方付款属于合法行为，合同是当事人或当事双方之间设立、变更、终止民事关系的协议。
合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合同是两个以上法律地位平等的当事人意思表示一致的协议，合同以产生、变更或终止债权债务关系为目的，合同是一种民事法律行为。
合同曾有契约与合同之分。契约是双方当事人基于相互对立的意思表示一致而成立的民事法律行为，如买卖契约。合同是双方或者三方以上当事人基于方向并行的意思表示一致而成立的民事法律行为，如合伙合同。法律依据：《中华人民共和国民法典》
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一百六十五条 委托代理授权采用书面形式的，授权委托书应当载明代理人的姓名或者名称、代理事项、权限和期限，并由被代理人签名或者盖章。
第一百六十六条 数人为同一代理事项的代理人的，应当共同行使代理权，但是当事人另有约定的除外。

若三方签订了委托收付款协议，则进行委托付款不违反三流一致。从开具发票增值税方的角度规定对外开具发票原则必须遵守三流合一制度，是指资金流（银行的收付款凭证）、票流（发票的开票人和收票人）和物流（或劳务流）相互统一，即收款方、开票方和货物销售方或劳务提供方必须是同一个法律主体。
具体内容包括：
1、纳税人向受票方纳税人销售了货物，或者提供了增值税应税劳务、应税服务：
2、纳税人向受票方纳税人收取了所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务的款项，或者取得了索取销售款项的凭据；
3、纳税人按规定向受票方纳税人开具的增值税专用发票相关内容，与所销售货物、所提供应税劳务或者应税服务相符，且该增值税专用发票是纳税人合法取得、并以自己名义开具。法律依据：《中华人民共和国公司法》 第一百六十六条 公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金。公司法定公积金累计额为公司注册资本的百分之五十以上的，可以不再提取。
公司的法定公积金不足以弥补以前年度亏损的，在依照前款规定提取法定公积金之前，应当先用当年利润弥补亏损。公司从税后利润中提取法定公积金后，经股东会或者股东大会决议，还可以从税后利润中提取任意公积金。
公司弥补亏损和提取公积金后所余税后利润，有限责任公司依照本法第三十四条的规定分配；股份有限公司按照股东持有的股份比例分配，但股份有限公司章程规定不按持股比例分配的除外。
股东会、股东大会或者董事会违反前款规定，在公司弥补亏损和提取法定公积金之前向股东分配利润的，股东必须将违反规定分配的利润退还公司。公司持有的本公司股份不得分配利润。
三流不一致的危害
三流一致通常是税务机构判定交易是否真实的依据。三流不一致可能会导致其相应的进项税不能抵扣，追补税款及滞纳金，甚至会缴纳相应的罚款；三流（资金流、货物流、发票流）不一致，还可能会被怀疑买发票等被认定为“偷税”，从而导致税前不能扣除；“三流不一致”，可能会被认定为涉嫌“虚开增值税专用发票”，严重的还会面临刑事责任。
所以建议如果业务是真实发生的，尽可能做到“三流一致”，以免带来不必要的麻烦。

合同约定第三方付款属于合法行为。公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。应要就交易对象与代付款的第三方共同出具书面说明，确认由第三方代为支付款项的事实。
或者向交易对象、代付款的第三方发送确认函并要求回执。法律依据：《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。