如果协议离婚，房子归女方，但是是小产权房没房产证，还在男方名下，这个怎么办？

既然协议离婚，约定房子归夫妻一方，但房产证上却是另一方的名字。为了避免以后发生纠纷，建议尽快办理房产的变更登记。可以拿着离婚协议和离婚证，直接去房产局申请变更登记，把房产证改为自己的名字即可。

如果你们是通过法院判决离婚的，办理产权证时，只需要女方持判决书等材料到登记机构将产权证办到自己名下即可，男方不需要到场； 如果是通过民政局协议离婚的，办理产权证时，就需要离婚夫妻双方持离婚协议等材料到登记机构将产权证办到女方名下，也就是需要离婚夫妻双方到场。法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一千零七十六条 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

夫妻离婚时对于小产权房有协议的，按照协议进行分割处理；没有协议双方有争议且协商不成的，人民法院应当根据实际情况判决由当事人使用，不直接判决该房屋所有权的归属。法律依据：《民法典》第二百零九条　
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第一千零八十七条　
离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。