当公司资不抵债，公司注册资金是1000万但是股东资金未到位，申请破产的话怎么清算

公司破产清算的程序：
　　
一、成立清算组
　　公司清算的第一步就是成立清算组，根据清算的种类不同，清算组的成立也不相同；　
二、接管公司
　　公司原法定代表人应当全面向清算组移交公司管理权；
三、清理公司财产
四、接管公司债务 　
五、设立清算账户
六、通知或者公告债权人申报债权，进行债权登记
七、处理与清算相关的公司未了结的业务，收取公司债权
八、参与公司的诉讼活动
九、处理公司财产
十、编制资产负债表和财产清单
十一、制定清算方案
十二、确认并实施清算方案

股东不能申请破产，但可以申请解散公司，然后再清算。　　
1、依照《破产法(试行)》和《民事诉讼法》的规定，具有独立法人资格的企业因经营不善严重亏损，不能偿还到期债务的，可以向人民法院申请破产;作为债务人的企业法人，不能偿还到期债务时，其债权人也可以申请该债务人破产。
2、 股东提起解散公司诉讼，同时又申请人民法院对公司进行清算的，人民法院对其提出的清算申请不予受理。人民法院可以告知原告，在人民法院判决解散公司后，自行组织清算或者另行申请人民法院对公司进行清算。　　
3、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定
(二)》第三条
(1)股东提起解散公司诉讼时，向人民法院申请财产保全或者证据保全的，在股东提供担保且不影响公司正常经营的情形下，人民法院可予以保全。
(2)股东提起解散公司诉讼应当以公司为被告。 原告以其他股东为被告一并提起诉讼的，人民法院应当告知原告将其他股东变更为第三人;原告坚持不予变更的，人民法院应当驳回原告对其他股东的起诉。原告提起解散公司诉讼应当告知其他股东，或者由人民法院通知其参加诉讼。其他股东或者有关利害关系人申请以共同原告或者第三人身份参加诉讼的，人民法院应予准许。以上是关于股东申请公司破产清算的问题，希望能帮到你。

公司是否要破产和注册资本没有关系，只和是否资不抵债有关。尤其是2014年工商注册改革，注册公司实行认缴制后，注册资本只是个认缴承诺，跟公司是否要破产没有一点关系。

注册资本只是公司成立时，营业执照上核定的资本金额。
如果后期不增资，也不减资，注册资本一直不变，是个静态的值。估计你想问的是净资产和破产的关系，净资产就是所有者权益，简单的说就是股东投入公司的资本金截止当前的价值，会随着公司经营状况的变化而变动，是个动态的值。
但公司是否破产，取决于净资产变现后是否可以完全偿还债务，与净资产的大小没有关系。