本来工资是以底薪加绩效的，怀孕后公司以经营不善为由把工资降为深圳最低工资

劳动者和用人单位可以协商关于工资报酬的事项，但是约定的工资不得低于当地的最低工资标准。

公司不正当扣绩效工资(实际上是全公司变向降薪)的，可以向当地劳动局的劳动监察部门进行投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。　　《劳动合同法》　　第八十条　用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。　　第八十五条　用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：　　
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；　　
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；　　
(三)安排加班不支付加班费的；　　
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。　　《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》　　第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

根据《劳动法》第四十八条、国务院《最低工资规定》第三条规定，劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位支付的工资不得低于当地政府规定的最低工资标准。低于最多工资标准的，由劳动保障行政部门责令其限期改正，限期内不改正的，责令按应补足的差额的50——100%支付赔偿金。
　　劳动者提供了正常劳动，用人单位支付的工资低于最低工资标准，劳动者可以向劳动监察求助，也可以申请劳动争议仲裁维权。但建议先向劳动监察举报，由劳动监察责令限期改正。限期内不改正的，再提起劳动争议仲裁，主张补足差额并要求按差额50——100%支付赔偿金（只有限期内不改正的才能主张赔偿金）。
　　用人单位支付工资违反最低工资规定的，劳动者可以按照《劳动合同法》第三十八条
（二）款规定解除合同，按第四十六条
（一）款和第四十七条规定主张经济补偿金。