借款人用别人的房子做了他项权证抵押给我，权证上的有效期已过，款没还，需要申请法院查封吗？

抵押合同不是从属合同，无论有没有其他附带合同都是有效的。
抵押合同是抵押权人（通常是债权人）与抵押人（既可以是债务人，也可以是第三人）签订的担保性质的合同。
抵押人以一定的财物（既可以是不动产，也可以是动产）向抵押权人设定抵押担保，当债务人不能履行债务时，抵押权人可以依法以处分抵押物所得价款优先受偿。
从属合同是指必须以他种合同的存在为前提，自身不能独立存在的合同。
比如随借贷合同而设立的抵押、质押担保合同。

;　　房产抵押合同公证办理　　申办条件　　
1、申请人与申请公证的事项有利害关系;　　
2、申请人之间对申请公证的事项无争议;　　
3、申请公证事项符合公证业务规定的范围;　　
4、申请公证事项符合公证机构执业区域。　　申报材料　　
(一)当事人为自然人：提交有效的身份证明。如委托他人办理，还须提供经公证机构证明的授权委托书。　　
(二)当事人为中国内地法人：　　
1、公司的营业执照;　　
2、法定代表人证明书及法定代表人身份证;　　
3、授权委托书及受托人身份证;　　
4、公司董事会决议或股东会决议。(注册地在深圳之外的公司，董事会决议或股东会决议须办理公证)。　　
(三)当事人为境外法人：　　
1、当事人为香港公司，所提交的材料(商业登记证或注册证书、董事会决议、授权委托书等)需经中国司法部委托的香港律师(公证人)办理公证，并经中国法律服务(香港)有限公司办理转递;转让方、受让方为澳门公司，其材料经中国法律服务(澳门)公司办理公证;转让方、受让方为台湾公司，经台湾地区公证人办理公证并经由台湾海基会寄送。　　
2、当事人为外国公司，所提交的材料(商业登记证或注册证书、董事会决议、授权委托书等)需经当地国家公证人公证，并经中国驻该国大使馆或领事馆办理认证。　　
(四)房地产权证书。　　
(五)房产信息单(现可在我处现场申请查询)。　　
(六)抵押合同(如有主合同即借款合同的，提交主合同原件或复印件备案)　　
(七)承办公证员根据案件的具体情况，要求当事人提供的其他证明资料。

不会因为资产拍卖而影响到自己的利益，根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定 》第31条第2款规定：“拍卖财产上原有的租赁权及其他用益物权，不因拍卖而消灭，但该权利继续存在于拍卖财产上 ，对在先的担保物权或者其他优先受偿权的实现有影响的，人民法院应当依法将其除去后进行拍卖”。