结婚6年了，没有结婚证，现在离婚了但是有两个孩子，女方不愿意抚养，我该怎么办

对于婚姻存续期间的债权债务，如果双方在离婚时已明确约定由谁来承受的，则按约定，但如果一方隐瞒，则离婚后一年内，可重新最隐瞒的再约定。没有约定的，就由双方共同承担。
若是诉讼离婚的话，由法院对债务进行分析。
共同债务由双方共同承担；个人债务各自承担。债务的分配不影响离婚手续的办理。

没领结婚证法律不承认,只能是非法同居。可自行协商解决分开。但如果对财产分割有争议,则可以起诉到法院,一并解决同居问题。
如果是一方不给结婚证的话，你可以到当地民政部门，看是否能开具相关的婚姻证明，同时去法院立案庭咨询起诉事项，必要时可以聘请律师解决。

10周岁以上的孩子应考虑该子女的意见，两个孩子原则上是一方一个。
最高人民法院印发《关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》的通知
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。　
2、父母双方协议两周以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。　
3、对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：　
（1）已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；　
（2）子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；　
（3）无其他子女，而另一方有其他子女的；　
（4）子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。