拆迁产权证有纠纷怎么处理？

法律分析：产权有纠纷的房屋，一般情况下是指无产权关系证明、产权人下落不明、暂时无法考证产权的合法所有人或有产权但尚未确定最后产权归属的房屋。对于此类房屋的征收，是指在征收公告公布规定的期限内，被征收房屋的上述问题还未解决而房屋仍需征收。
被征收房屋所有权人不明确的，应按照征收补偿方案作出补偿决定，并予以公告，同时明确补偿决定应当公平。
对于产权不明的房屋，政府部门基于公共利益的需要有权进行征收，但也要严格按照征收补偿方案进行安置补偿。
征收人在征收产权不明确的房屋时，既要保证征收工作的进度，又要兼顾实际产权人的合法利益。对于补偿对象不明确，征收部门也必须在房屋产权纠纷解决之后，及时对确定的产权人进行安置补偿。法律依据：《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第2条 为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（被征收人）给予公平补偿。
第26条 被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。

法律分析：解决房产拆迁纠纷的办法是当事人之间首先可以协商解决；如果协商不成的，可以请求政府依法进行处理；但如果对行政处理的决定不服的，当事人可以向法院提起行政诉讼。法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

拆迁协议有纠纷的情形下，一般不能办理房产证。
根据《不动产登记暂行条例》第二十一条的规定，登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。
不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。
第二十二条规定，登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：
（一）违反法律、行政法规规定的；
（二）存在尚未解决的权属争议的；
（三）申请登记的不动产权利超过规定期限的；
（四）法律、行政法规规定不予登记的其他情形。法律依据：《不动产登记暂行条例》第二十一条
登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。
不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。
《不动产登记暂行条例》第二十二条
登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：
（一）违反法律、行政法规规定的；
（二）存在尚未解决的权属争议的；
（三）申请登记的不动产权利超过规定期限的；
（四）法律、行政法规规定不予登记的其他情形。