签署了增资扩股协议，增资款分两次付清，协议约定所有出资到位后办理股东工商登记的，那出资第一部分后，是股东吗？如果后来发生纠纷，这一部分款是借款

对于办理股权转让变更的新股东出资时间问题，很多人存在误区。
一般分为两种观点：其一是以新股东交付转让价款时间为新股东出资时间;其二是以原股东交付出资时间为受让股东出资时间。
应以第二种判断为准。因为，股权转让是经依法公司股东同意后，出让股东与受让股东之间的股权转让实质上是要公司“体外”的一种合同交易，由受让人向转让人支付转让价款，不涉及新股东向公司交付出资，并不影响股东对公司的出资时间变动，因此，原股东交付出资的时间为受让股东的出资时间。

根据我国公司法第三十五条规定：股东按照实缴的出资比例分取红利;公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。因此，按照行政职务级别增资一定要经过全体股东同意。按照公司法第一百四十三条公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：
(一)减少公司注册资本;　
(二)与持有本公司股份的其他公司合并;
(三)将股份奖励给本公司职工;
(四)股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份的。公司因为上述事实进行股份回购都有严格的程序要求：即公司因前款第
(一)项至第
(三)项的原因收购本公司股份的，应当经股东大会决议。公司依照前款规定收购本公司股份后，属于第
(一)项情形的，应当自收购之日起十日内注销;属于第
(二)项、第
(四)项情形的，应当在六个月内转让或者注销。公司依照第一款第
(三)项规定收购的本公司股份，不得超过本公司已发行股份总额的百分之五;用于收购的资金应当从公司的税后利润中支出;所收购的股份应当在一年内转让给职工。因此很显然目前公司做法并不规范和妥当。

按照我国公司法律，有限公司的股东属于公司行政登记的事项、即行政许可的内容。当有限公司股权转让构成股东变更的事实时，应提交公司登记机关作相应变更登记。股份公司或上市公司的股权转让在相关到发起人股权转让、大股东监控和公司收购三个事项时，要向证监会报告备案，相应事实形成并或证监会批准后应当向公司登记机关备案或变更。
　　一般股权转让未构成有限公司股东主体变更或股份公司的股票交易不需要到登记机关变更登记，当然有限公司在年检时应当将反映资本结构变化和股东承担有限责任比例的股份变化提交公司年检机关（即登记机关）备案。
从法理上来看，我国实行法定资本制，公司承担无限责任，股东以出资额承担有限责任。故有限公司股东的股份应当在动态中确定和公开，至于动态备案的周期法律未作明确规定，但备案不是许可，不需要法定。
登记机关一般在年检的义务中包含审查备案。