没有结婚证但是有两个孩子，女方现在和别人跑了同居了，可以通过法律程序来解决吗，

解除非法同居关系时，双方所生的非婚生子女，由哪一方抚养，双方协商，协商不成时，应根据子女的利益和双方的具体情况判决，哺乳期内的子女，原则上应由母方抚养，如父方条件好，母方同意，也可由父方抚养，子女为限制民事行为能力人的，应征求子女本人的意见，一方将未成年的子女送他人收养，须征得另一方的同意。

法院会解除非法同居关系，主要处理财产分割、孩子抚养问题。子女随哪方生活，一般是根据“有利于子女健康成长”的原则来决定。《婚姻法》第三十六条第三款规定：“离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。
哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的利益和双方的具体情况判决。”哺乳期后的子女的抚养问题，首先应由父母双方协商确定，协商不成的，由人民法院根据双方的情况判决。

私自送养子女，是违法的行为，
需孩子亲生父母，一起到所在地民政部门申请办理送养手续。
《中国公民收养子女登记办法》：
第六条
送养人应当向收养登记机关提交下列证件和证明材料：
（一）送养人的居民户口簿和居民身份证（组织作监护人的，提交其负责人的身份证件）；
（二）收养法规定送养时应当征得其他有抚养义务的人同意的，并提交其他有抚养义务的人同意送养的书面意见。
社会福利机构为送养人的，并应当提交弃婴、儿童进入社会福利机构的原始记录，公安机关出具的捡拾弃婴、儿童报案的证明，或者孤儿的生父母死亡或者宣告死亡的证明。
监护人为送养人的，并应当提交实际承担监护责任的证明，孤儿的父母死亡或者宣告死亡的证明，或者被收养人生父母无完全民事行为能力并对被收养人有严重危害的证明。
生父母为送养人的，并应当提交与当地计划生育部门签订的不违反计划生育规定的协议；有特殊困难无力抚养子女的，还应当提交其所在单位或者村民委员会、居民委员会出具的送养人有特殊困难的证明。
其中，因丧偶或者一方下落不明由单方送养的，还应当提交配偶死亡或者下落不明的证明；子女由三代以内同辈旁系血亲收养的，还应当提交公安机关出具的或者经过公证的与收养人有亲属关系的证明。
被收养人是残疾儿童的，并应当提交县级以上医疗机构出具的该儿童的残疾证明。