你好，请问一下，两个人在一起有两个小孩了，没有结婚证，女方悄悄离开了，这样还虽要离婚吗

离婚案件中就孩子抚养问题，法庭会根据不同情况作出不同的判决;
第一，如果双方可以就孩子抚养协商一致，按照双方当事人的意思出具判决书;
第二，如果双方不能就孩子抚养协商一致，法院会按照一人抚养一个子女的原则进行判决;
第三，判决抚养的时候法院会参考孩子的年龄，性别等因素进行判决，通常情况下，两周岁以内的子女原则上女方抚养，两周岁到十周岁之间的子女法院会按照有利子女成长的原则判决，十周岁以上的子女可以征求孩子意见。

相关法律条文：
我国《婚姻法》第32条第3款第1项规定，重婚或由配偶者与他人同居的，另一方可以要求离婚，法院应准予离婚。第46条第1项规定：”因重婚的或有配偶者与他人同居的，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿“。
《中华人民共和国婚姻法》第45条规定，对重婚构成犯罪的，依法追究刑事责任。根
据《中华人民共和国刑法》第258条的规定,有配偶而重婚的,或者明知他人有配偶而与之结婚的，处2年以下有期徒刑或者拘役。

男方可向法院起诉离婚。

根据最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释（法释〔2001〕30号）：
第四条男女双方根据婚姻法第八条规定补办结婚登记的，婚姻关系的效力从双方均符合婚姻法所规定的结婚的实质要件时起算。
第五条未按婚姻法第八条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到人民法院要求离婚的，应当区别对待：
1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理；
1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记；未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。

最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释
(二)（法释[2003]19号）规定：

第一条　当事人起诉请求解除同居关系的，人民法院不予受理。但当事人请求解除的同居关系，属于婚姻法第三条、第三十二条、第四十六条规定的“有配偶者与他人同居”的，人民法院应当受理并依法予以解除。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。