如何妥善处理工程项目合同纠纷

按照双方签订的合同进行处理

按照合同约定起诉解决

建设工程合同纠纷处理流程：
1、严格招投标和承发包程序；
2、建设前期加强立项管理；
3、加强合同和信息管理；
4、严格进行工程变更把关；
5、加强隐蔽工程的检查验收；
6、及时解决工程中的索赔问题；
7、结算时，力争不漏算；
8、进一步规范业主、承包商、政府行政管理部门的行为。
《民法典》第七百八十八条法律依据：《民法典》第七百八十八条
《民法典》第七百八十八条
建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。
建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
第七百八十九条
建设工程合同应当采用书面形式。
第七百九十条
建设工程的招标投标活动，应当依照有关法律的规定公开、公平、公正进行。
第七百九十一条
发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。
发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程支解成若干部分发包给数个承包人。