公司与公司的债务纠纷一般由双方协商解决。若双方无法协商或不愿意协商的,可以申请第三方组织调解,或根据双方的仲裁约定,向相应仲裁机构申请仲裁。纠纷仍不能解决的,双方可以提起诉讼。法律依据:《中华人民
共和国公司法》第三条公司是企业法人,有独立的法人财产,享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任;股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。第六十三条一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的,应当对公司债务承担连带责任。《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的,权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。