宅基地纠纷处理办法有:争议双方自行协商;请求乡级人民政府或者县级以上人民政府处理;对于处理不满意,可以提起行政诉讼。根据土地管理法规定,土地所有权和使用权争议,由当事人协商解决;协商不成的,由人民政府处理。法律依据:《中华人民
共和国土地管理法》第六十七条县级以上人民政府自然
资源主管部门对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查。县级以上人民政府农业农村主管部门对违反农村宅基地管理法律、法规的行为进行监督检查的,适用本法关于自然资源主管部门监督检查的规定。土地管理监督检查人员应当熟悉土地管理法律、法规,忠于职守、秉公执法。