公司和我签了劳动合同和保密协议，一式两份，但是两份都保存在公司人资哪里，这样违法吗？

没签订劳动合同单签了保密协议，规定辞职后3年内不得从事相关工作及业务，违约金100万，协议是没有法律效力的，一般约定竞业禁止条款条款，公司需要在劳动者辞职后每月为你支付补偿费，如果不支付，该协议是无效的，此外，约定的期限也违法。
　　《劳动合同法》
第二十三条用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。

　　对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
　　第二十四条竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。

如果与公司签订了劳动合同，那么申请离职就需要按照《劳动合同法》第三十七条的规定，履行提前三十天书面告知义务，三十天届满，你与公司间的劳动合同终止，劳动关系解除。
你提前一周申请离职，显然违反了上述规定，公司批准你的离职申请，但并不等于接受你提前一周才申请的做法。
所以公司扣你工资（应支付你已工作期间的工资），并无不当。
你连与公司签订的是哪种类型的劳动合同都搞不清楚，对问题的解决就有相当难度。试用期最长为六个月，一年期限的试用期显然违法。
其次，如果公司在你工作的一年时间里，没有按规定为你缴纳社会保险费，你完全可以依据《劳动合同法》第三十八条的规定，解除与公司间的劳动合同，还有权要求公司支付解除劳动合同经济补偿，补缴欠缴的社会保险费等。

订立保密协议合法。
没有订立劳动合同，用人单位先行与劳动者订立保密协议，符合法律规定。保密协议举报劳动合同的住院内容的，视为已经订立劳动合同。保密协议不具备劳动合同的或租用内容的，用人单位应当在用之日起一个月内订立劳动合同。
满一个月未订立劳动合同的，应当从满一个月的次日起向劳动者支付二倍工资，最多11个月。

《劳动合同法》
第二十三条　用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第八十二条　用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。

国务院
《劳动合同法实施条例》
第六条　用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当依照劳动合同法第八十二条的规定向劳动者每月支付两倍的工资，并与劳动者补订书面劳动合同；劳动者不与用人单位订立书面劳动合同的，用人单位应当书面通知劳动者终止劳动关系，并依照劳动合同法第四十七条的规定支付经济补偿。
前款规定的用人单位向劳动者每月支付两倍工资的起算时间为用工之日起满一个月的次日，截止时间为补订书面劳动合同的前一日。
第七条　用人单位自用工之日起满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，自用工之日起满一个月的次日至满一年的前一日应当依照劳动合同法第八十二条的规定向劳动者每月支付两倍的工资，并视为自用工之日起满一年的当日已经与劳动者订立无固定期限劳动合同，应当立即与劳动者补订书面劳动合同。