违反公司规定扣除全部工资不合法。劳动者违反公司规定给用人单位造成经济损失的,可从劳动者本人的工资中扣除来弥补经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。劳动者在用人单位扣除工资过多时可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。《工资支付暂行规定》第十六条法律依据:《工资支付暂行规定》第十六条《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的,用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿,可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准,则按最低工资标准支付。