事业单位员工长期不在单位上班应该怎么处理

职工长期不上班，首先要了解什么原因，因工伤休养长期不上班的，单位不能解除劳动合同，因女职工三期期间不上班的也不能解除劳动合同。如果是无故不来上班的。单位如果就是不想要这个职工，最好采取裁员方式与这个职工解除劳动合同。
最好不要用违反单位规章制度，如果违反单位规章与职工解除劳动合同，职工一旦不服，起诉到劳动仲裁或者人民法院，多数案件都是用人单位败诉，因为用人单位很难举证自己的制度是合法的，企业制度应当经过工会，职工代表大会讨论通过，并向全体职工进行公示等等程序，单位在举证过程中很难证明自己的这些过程，往往会被认定为举证不能，由用人单位承担不利后果。
注意《劳动合同法》相对于《企业职工奖惩条例》属于上位法，且《劳动合同法》属于新法。“上位法优于下位法，新法优于旧法”两者之间有矛盾的地方，应当以《劳动合同法》为准。

根据《劳动合同法》第二条的规定，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。民办非企业单位等组织包括民办非企业单位、基金会、合伙合作律师事务所等组织。
国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。
实践中事业单位人员的构成是由公务员或参照公务员管理的人员；实行聘用制的人员；一般劳动者。
由公务员或参照公务员管理的人员不适用《劳动合同法》，一般劳动者适用《劳动合同法》，实行聘用制的人员部分适用。《劳动合同法》"附则"规定：“事业单位与实行聘用制的工作人员订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，法律、行政法规以及国务院另有规定的，依照其规定；未作规定的，依照本法有关规定执行。
”将实行聘任制的工作人员交由法律、行政法规以及国务院来来决定，部分适用于事业单位，扩大了调整范围。
因此，你的情况属于那一种情况，我也无法确定。如果是公务员或参照公务员管理的人员的话就不适用劳动合同法；如果是实行聘用制的人员，那么部分适用劳动合同法。