如果有土地流转合同，能够证明土地的实际耕种人是谁，但合同中没有指明补贴的归属问题，这个粮食直补补贴该谁领

按农村土地承包经营权流转管理办法，任何单位和个人不得强迫或者阻碍承包方依法流转其承包土地。承包方委托发包方或者中介服务组织流转其承包土地的，流转合同应当由承包方或其书面委托的代理人签订。
如果有纠纷，可以向乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门或者县级以上地方人民政府农业行政（或农村经营管理）主管部门进行投诉。　　农村土地承包经营权流转管理办法　　第二章流转当事人　　第六条承包方有权依法自主决定承包土地是否流转、流转的对象和方式。
任何单位和个人不得强迫或者阻碍承包方依法流转其承包土地。　　第八条承包方自愿委托发包方或中介组织流转其承包土地的，应当由承包方出具土地流转委托书。委托书应当载明委托的事项、权限和期限等，并有委托人的签名或盖章。
　　没有承包方的书面委托，任何组织和个人无权以任何方式决定流转农户的承包土地。　　第四章流转合同　　第二十一条承包方流转农村土地承包经营权，应当与受让方在协商一致的基础上签订书面流转合同。
　　农村土地承包经营权流转合同一式四份，流转双方各执一份，发包方和乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门各备案一份。　　承包方将土地交由他人代耕不超过一年的，可以不签订书面合同。
　　第二十二条承包方委托发包方或者中介服务组织流转其承包土地的，流转合同应当由承包方或其书面委托的代理人签订。　　第五章流转管理　　第三十一条乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门在指导流转合同签订或流转合同鉴证中，发现流转双方有违反法律法规的约定，要及时予以纠正。
　　第三十二条县级以上地方人民政府农业行政（或农村经营管理）主管部门应当加强对乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门工作的指导。乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门应当依法开展农村土地承包经营权流转的指导和管理工作，正确履行职责。

认为土地补偿款的分配不合理的、不合法的，可以到法院起诉解决。
到法院起诉的程序与其他普通民事案件相同，但是要有针对性的提供补偿款分配不公平、不合理、不合法的证据，由法院进行判断。
最高人民法院关于审理农村土地承包纠纷的司法解释
　　第一条　下列涉及农村土地承包民事纠纷，人民法院应当依法受理：
　　
（一）承包合同纠纷；
　　
（二）承包经营权侵权纠纷；
　　
（三）承包经营权流转纠纷；
　　
（四）承包地征收补偿费用分配纠纷；
　　
（五）承包经营权继承纠纷。
　　集体经济组织成员因未实际取得土地承包经营权提起民事诉讼的，人民法院应当告知其向有关行政主管部门申请解决。
　　集体经济组织成员就用于分配的土地补偿费数额提起民事诉讼的，人民法院不予受理。