你好，公司制定了内部罚款，但是说离职就不会罚款，到这月15发工资缺少1000块，说是被罚了，我不知道我该怎么保护我的合法权益

具体情况具体分析，例如，员工中途离职工资：
工作日加班费的计算方式:月工资÷
21.75÷8×加班小时数×
1.5倍；双休日加班费的计算方式：月工资÷
21.75÷8×加班小时数×2倍；法定节假日加班费的计算方式：月工资÷
21.75÷8×加班小时数×3倍。
《劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬。
安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
按照《劳动法》第五十一条的规定，法定节假日用人单位应当依法支付工资，即折算日工资、小时工资时不剔除国家规定的11天法定节假日。

用人单位除以下两种情况外不得约定违约金：
　　用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。
用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
　　对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
　　企业违规收取违约金，劳动可以到企业所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护合法权益。

公司以任何理由罚款都是不合法的。完不成工作任务公司可以以不胜任工作为由调岗或者再培训，罚款损害了劳动者的合法权益，劳动者可以单方解除劳动合同并要求支付经济补偿金。劳动者可以去劳动局投诉或者去公司所在地劳动仲裁委申请劳动仲裁。
《劳动合同法》
第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。

第四十六条　有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
　　
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
　　
（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
　　
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；
　　
（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；
　　
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；
　　
（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；
　　
（七）法律、行政法规规定的其他情形。