当月请休3日病假，按规定公司已扣发绩效工资，但当月部门绩效考核又以请休病假、病假期间工作交接不清工作受阻为由分别扣分，造成绩效考核排名最后，按部门绩效考核规定再次扣罚绩效工资，咨询被两次扣罚绩效工资，是否违反劳动法。

扣留绩效工资的劳动合同，不会影响法律效力，所以劳动合同仍然是有效的。
　　《劳动合同法》第十六条　劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。
　　劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。

根据《劳动法》第四十七条、劳动部《关于贯彻执行中华人民共和国劳动法若干问题的意见的通知》（劳部发〔1995〕309号）第59条规定，劳动者患病治疗休息期间，用人单位应当支付病假工资。企业职工病假工资标准，由用人单位按不低于当地最低工资标准80%自主确定。病假3天，按月计薪天数
21.75天计算，所发放的病假工资不低于当地最低工资标准80%即符合法律规定。
　　具体计算方法是：当月应发工资=月工资标准——月工资标准÷
21.75×3+3天病假工资（不低于当地最低工资标准80%）。

（1） [1] 职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
（2）除劳动法 [2] 第二十五条规定的情形外，劳动者在医疗期、孕期、产期和哺乳期内，劳动，劳动合同期限届满时，用人单位不得终止劳动合同。劳动合同的期限应自动延续至医疗期、孕期、产期和哺乳期期满为止。
（3）请长病假的职工在医疗期满后，能从事原工作的，可以继续履行劳动合同;医疗期满后仍不能从事原工作也不能从事由单位另行安排的工作的，由劳动鉴定委员会参照工伤与职业病致残程度鉴定标准进行劳动能力鉴定。被鉴定为一至四级的，应当退出劳动岗位，解除劳动关系，办理因病或非因工负伤退休退职手续，享受相应的退休退职待遇;被鉴定为五至十级的，用人单位可以解除劳动合同，并按规定支付经济补偿金和医疗补助费。
（4）《劳动法》 [2] 第四十八条中的“最低工资”是指劳动者在法定工作时间内履行了正常劳动义务的前提下，由其所在单位支付的最低劳动报酬。最低工资不包括延长工作时间的工资报酬，以货币形式支付的住房和用人单位支付的伙食补贴，中班、夜班、高温、低温、井下、有毒、有害等特殊工作环境和劳动条件下的津贴，国家法律、法规、规章规定的社会保险福利。
（5）劳动者患病或者非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位应按其在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。