夫妻双方分居13年，在分居的第五年，男方起诉离婚了。法院也判决离婚了，

离婚协议和法院判决不同之处：
在解除夫妻关系方面，协议离婚与诉讼离婚有同样的法律效力，但是在抚养子女和财产分割方面，你和你丈夫只是一种协议关系，你可能同样要面对对方不履行协议的风险，如果对方拒绝履行离婚协议的约定，你只能通过诉讼要求对方履行义务兑现承诺。所以离婚协议书和法院的判决书法律效力是不一样的，离婚判决书可以直接申请法院强制执行，而离婚协议书只能再通过诉讼，经法院判决后，才具有强制执行力。

起诉离婚要具备哪些条件
根据我国相关法律规定，起诉离婚的条件包括：
1、当事人双方领有结婚证。
2、起诉离婚的提起，必须是婚姻关系的一方当事人，其他任何第三人均不得以起诉当事人的身份提出起诉。
比如当事人双方的子女或者父母不得以自己的名义对夫或妻提起离婚起诉。
3、提起起诉离婚的一方，必须具有完全的民事行为能力，不具备完全民事行为能力的人不能提起起诉离婚。
4、《婚姻法》第三十二条对于起诉离婚条件的相关规定：
(1)重婚或有配偶者与他人同居的;
(2)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;
(3)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;
(4)因感情不和分居满二年的;
(5)其他导致夫妻感情破裂的情形;
(6)一方被宣告失踪，另一方提出离婚起诉的，应准予离婚。
另外，法律还有特别规定：当女方在怀孕期间、分娩后一年内或中止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚。女方提出离婚的，或人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的，不在此限。

法院判决离婚的标准是夫妻感情破裂，与双方是否对财产分割达成一致没有关系。双方对财产分割达不成协议的，法院可以对财产分割问题进行判决。离婚时不免涉及房产归属问题。如果确实是夫妻共同房产的，离婚时一般按适当照顾女方和子女原则，平均分割。
办理房屋产权转移登记，可以在离婚前，也就是婚姻存续期间进行，也可以在离婚后，持离婚证及离婚协议办理。因为离婚而进行产权变更的，免征契税、个税以及增值税。