如果你三个月后辞职，扣除工资的15%合法吗？

用人单位是否可以扣发劳动者的工资，要视具体情况而定。　　我国劳动法第50条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。这一规定是对劳动者工资报酬权的法律保护。所谓“克扣”，是指用人单位无正当理由，扣减劳动者的应得工资。
用人单位克扣劳动者工资的行为，有两方面的标准，一是看劳动者是否提供了正常的劳动;二是看用人单位是否有正当的理由。如果劳动者按照劳动合同的约定，提供了无过错的正常劳动，而用人单位又不具有扣除工资的法定理由的，就属于克扣劳动者工资。
克扣劳动者工资的行为是违法行为，是对劳动者工资权的侵犯。

劳动者辞工被扣工资，只有在劳动者违法解除劳动合同，给用人单位造成损失的情况下，单位可以扣工资作为赔偿。
法律依据：
《劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。

扣工资是涉嫌违法行为，应该先去劳动局投诉，如果劳动局认为是否有争议，才去劳动仲裁。
劳动仲裁是指由劳动争议仲裁委员会对当事人申请仲裁的劳动争议居中公断与裁决。在我国，劳动仲裁是劳动争议当事人向人民法院提起诉讼的必经程序。
按照《劳动争议调解仲裁法》规定，提起劳动仲裁的一方应在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。除非当事人是因不可抗力或有其他正当理由，否则超过法律规定的申请仲裁时效的，仲裁委员会不予受理。
1、劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。在诸多劳动争议中，劳动关系的终止时间对案件能否进入实体审理起到了重要作用。
因此无论是用人单位还是劳动者在应当劳动争议时，在劳动关系的终止证据或质证观点上一定要有相应的准备。
2、劳动仲裁委员会原则上不应当主动审核劳动仲裁时效的问题。因为仲裁时效适用的是时效规则，且属于不告不理的程序性问题。
在对方当事人未当庭提及仲裁时效的情况下，劳动仲裁委员会不应当主动审核该问题。但遗憾的是，仲裁实践中劳动仲裁委员会主动审核仲裁时效的情况并不少见，存在此种现象也不能完全归咎于某些劳动仲裁委员会司法尺度的不准确，还在于《劳动争议仲裁法》本身在条款布局上的不合理。
关于劳动争议仲裁时效的问题被直接规定在了《劳动争议仲裁法》“第二节申请和受理”章节中，仲裁委员会便很容易将仲裁时效作为是否受理劳动争议仲裁的一个条件。