上夜班旷工两天第三天下午就发工资了，还会不会发算旷工三天自离吗

不合法。关于旷工扣款这个要看公司规章制度是如何规定的，每个单位情况不一样，以实际情况为准。而且规章制度必须经过了民主程序，必须公示。劳动法和劳动合同法都没有对旷工行为如何处理的规定，只是规定对员工违反企业规章制度的违纪行为企业有权做出相应的处理，单位的规章制度要经过民主程序进行公示，而且必须是合法有效并且已经送达给员工的，这样才有效。
规章制度对旷工行为概念和发生旷工有明确规定的，按具体的处理规定结合员工的实际旷工行为进行处理。关于违约金和罚金的问题，首先从2008年1月1日后除了培训费和竞业禁止或给单位造成直接经济损失外员工不承担其他违约责任。
还有罚金的问题首先针对旷工当日的工资单位依法不予发放，但是额外扣的罚款就没有依据了。所以综上所述，单位有权决定扣款标准，但是那个旷工每天算三天，额外扣20%是不合法的，只能对旷工当日的工资不予发放，除此之外的扣罚就是没有法律依据的。

你好:《劳动法》关于工作时间的规定： 第三十六条 国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。 第三十七条 对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。 第三十八条 用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。 第三十九条 企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。 第四十条 用人单位在下列节日期间应当依法安排劳动者休假：
(一)元旦;
(二)春节;
(三)国际劳动节;
(四)国庆节;
(五)法律、法规规定的其他休假节日。 第四十一条 用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时;因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。 第四十二条 有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第四十一条规定的限制：
(一)发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的;
(二)生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的;
(三)法律、行政法规规定的其他情形。 第四十三条 用人单位不得违反本法规定延长劳动者的工作时间。 第四十四条 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。 第四十五条 国家实行带薪年休假制度。 劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。具体办法由国务院规定。 第四十六条 工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。 工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。 第四十七条 用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。 第四十八条 国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。 用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。 第四十九条 确定和调整最低工资标准应当综合参考下列因素：
(一)劳动者本人及平均赡养人口的最低生活费用;
(二)社会平均工资水平;
(三)劳动生产率;
(四)就业状况;
(五)地区之间经济发展水平的差异。 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。 第五十一条 劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。

员工旷工三天，单位是可以以此辞退员工的，并且单位可以扣除员工部分奖励性待遇作为处罚，但是不得克扣员工工资。根据《劳动法》规定单位不得随意克扣员工工资。员工可以向劳动监察大队投诉或者申请劳动仲裁进行维权。《劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。依据《劳动合同法》第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。《工资支付暂行条例》第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。