双方已经分居三年以上，怎样办离婚手续

双方通过协议方式离婚的，离婚登记按照初审——受理——审查——登记(发证)的程序办理。
协议离婚具体需要的材料手续如下：
(一)当事人提交证件和证明材料;
(二)婚姻登记员查验相应证件和证明材料;
(三)婚姻登记员向当事人讲明婚姻法关于登记离婚的条件;
(四)婚姻登记员询问当事人的离婚意愿以及对离婚协议内容的意愿;
(五)双方自愿离婚且对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的，双方填写《申请离婚登记声明书》，并在监誓人面前签名;
(六)夫妻双方亲自在离婚协议上签名;婚姻登记员作监誓人。协议书夫妻双方各一份，婚姻登记处存档一份;
(七)婚姻登记员对当事人提交的证件、申请离婚登记声明书、离婚协议书进行审查，符合离婚条件的，填写《离婚登记审查处理表》和离婚证;
(八)颁发离婚证。颁发离婚证应当在当事人双方均在场时按照下列步骤进行：
1、向当事人双方核实姓名、出生日期、离婚意愿;
2、告知当事人双方领取离婚证后的法律关系以及离婚后与子女的关系、应尽的义务;
3、见证当事人本人亲自在《离婚登记审查处理表》“当事人领证签名或按指纹”一栏中签名;当事人不会书写姓名的，应当按指纹。
4、在当事人的结婚证上加盖条型印章，其中注明“双方离婚，证件失效。××婚姻登记处”。注销后的结婚证退还当事人。
5、将离婚证分别颁发给离婚当事人双方，向双方宣布：取得离婚证，解除夫妻关系。

没有办理离婚登记或着经过法院判决离婚的，在法律上还属于夫妻关系。在这种情况下，另一方再与他人登记结婚，则构成重婚罪，需要负刑事责任。如果有证据证明，他们已经结婚！就可以起诉他们重婚罪。

共同财产、债务一般平分，个人财产、债务归个人。不存在或双方都存在有过错的情况时，离婚时互不赔偿。否则无过错方有权向过错方索赔。
三、孩子未满两周岁时一般优先归母亲抚养，满两周岁先协商，协商不成法院将根据双方实际条件按对孩子成长有利的原则确定孩子归属，满十周岁法院还会征求孩子的意见。另一方按固定收入支付抚养费，无固定收入按照同行业标准取一个合适的比例支付抚养费，并有权探视。