该公司设立了一个分支机构，并成立了一个独立的法人。公司的员工不想使用这个系统。

筹建中的公司虽然不具备《劳动合同法》第二条所规定的用人单位的法律地位。但因筹建中的公司的一切责任应由公司的出资人或发起人来承担。而公司一旦成立，出资人或发起人在筹建过程中的行为即被追认为公司的行为。
由此可见，筹建中的公司不是用人单位，出资人才是用人主体，因此相应的法律责任也应该由出资人来承担。出资人可以以个人的名义雇用员工并形成雇佣关系，但当公司成立时，出资人雇用员工的行为将就被视为公司雇用员工的行为，雇员成为公司的员工。
因此，公司成立后，筹建期间应纳入劳动合同期间。

成立分公司需要什么手续：第一步：申请人持相关材料向市政务服务中心工商局窗口提出申请，经受理审查员初审通过，开具《受理通知书》或者《申请材料接收单》;不符合受理条件的，在当场或者5个工作日内一次性告知申请人应当补正的全部材料(出具告知单)。　　第二步：对申请人申请材料齐全、符合法定形式的，当场作出是否准予登记的决定并出具《登记决定通知书》;需要对申请材料的实质内容进行核实的，出具《企业登记材料需要核实事项告知书》，在10个工作日内作出核准或者驳回申请的决定。　　第三步：在5个工作日后(申请材料的实质内容需核实的除外)，申请人可以凭《登记决定通知书》到发照窗口领取《营业执照》。　　申请材料:　　
1、公司法定代表人签署的《分公司设立登记申请书》(公司加盖公章);　　
2、公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》(公司加盖公章)及指定代表或委托代理人身份证复印件(本人签字)，应标明具体委托事项、被委托人的权限、委托期限;　　
3、公司章程(法定代表人签署);　　
4、公司营业执照副本的复印件;　　
5、分公司营业场所使用证明：自有房产提交产权证复印件;租赁房屋提交租赁协议原件或复印件以及出租方的产权证复印件;未取得房产证的，提交房地产管理部门的证明或者购房合同及房屋销售许可证复印件;出租方为宾馆、饭店的，提交宾馆、饭店的营业执照复印件。　　
6、公司出具的分公司负责人的任职文件及身份证复印件;　　
7、分公司申请登记的经营范围中有法律、行政法规和国务院决定规定必须在登记前报经批准的项目，提交有关部门的批准文件或者许可证书复印件或许可证明;分公司的经营范围不得超出公司的经营范围。　　
8、法律、行政法规和国务院决定规定设立分公司必须报经批准的，提交有关批准文件或者许可证书复印件

《公司法》条文：
第十三条：公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。
一般情况下，法定代表人的职务行为产生的民事责任由法人承担，法定代表人一般不需要直接承担民事责任，但也有例外。