我在工厂自离了，劳动合同什么时候解除啊？

申请劳动仲裁并不意味着跟公司解除劳动合同。申请劳动争议仲裁，是仲裁某个劳动争议事项，如拖欠工资、不付加班费等，但在仲裁过程中你仍要继续上班工作。一旦仲裁裁定单位应发放工资、补偿加班费等后，仲裁就结束了。
至于你和单位的劳动合同是不以仲裁而影响。

1、劳动合同依法签订即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。劳动合同依法签订即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。　　
2、只要付出劳动，单位就要支付劳动报酬，虽然是自离，但单位应当与劳动者结算工资；　　
3、根据劳动法的规定，应当提前提出辞职并交接好工作，如果违反劳动法不辞而别给单位造成损失，则要承担赔偿责任；　　
4、法律依据：　　1）《劳动合同法》(2012修正)第三十七条　【劳动者提前通知解除劳动合同】劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。　　2）《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付

劳动者自离的，用人单位是应当为劳动者办理离职手续以及解除劳动关系证明通知书的，如果用人单位拒绝为其办理的，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，要求用人单位为其办理解除劳动关系证明通知书。

《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》
（1996）第15条“在劳动者履行了有关义务终止、解除劳动合同时，用人单位应当出具终止、解除劳动合同证明书，作为该劳动者按规定享受失业保险待遇和失业登记、求职登记的凭证。证明书应写明劳动合同期限、终止或解除的日期、所担任的工作。如果劳动者要求，用人单位可在证明中客观地说明解除劳动合同的原因。”

《中华人民共和国劳动合同法》
第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
　　
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
　　
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。

第八十九条用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或者终止劳动合同的书面证明，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。