公司因旷工扣除三天工资合法吗？

首先，根据《劳动法》第3条规定，劳动报酬权是劳动者八项基本权利之一。根据《劳动法》第46条关于“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬”之规定，在劳动者提供劳动义务的前提下，用人单位有义务支付提供劳动义务期间的报酬，而“旷工一天扣3天工资”的规定，是变相剥夺劳动者获得劳动报酬的权利。
其次，这一规定带有经济处分性质，而经济处分在本质上就是罚款。关于罚款的合法性问题，目前的主流观点是不认可罚款合法的。最后，这一规定也违反了公平原则，劳动者出勤一天只发放一份工资，旷工一天却要扣去三份工资，劳动者不能信服。

劳动部发布的《工资暂行规定》第15条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(1)用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税;　　
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用;　　
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　该规定第16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%.若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。上述代扣劳动者工资的情况，不得视为克扣工资。　　此外，根据劳动部的有关规定，下列减发工资的情况也不得视为克扣工资：　　
(1)国家法律、法规中有明确规定的;　　
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;　　
(3)用人单位依法制定并经职工代表大会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;　　
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的，但支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准;　　
(5)因劳动者请假等原因相应减发工资

《中华人民共和国劳动法》第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。
用人单位必须按照法定或劳动合同约定的标准，无条件地向员工发放全部工资，不得以任何形式、任何借口加以克扣。存在克扣的，属于违法行为。劳动者可以采取以下办法：
1、向劳动保障行政部门（劳动监察大队）投诉，由劳动监察大队责令限期支付，逾期不支付的，可以请求加付赔偿金，赔偿金标准：应付金额百分之五十以上百分之一百以下。
2、以未及时足额发放工资为由，向用人单位所在地或劳动合同履行地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，请求解除劳动关系并支付工资和经济补偿金。若仍想维持劳动关系的，可以只请求支付工资。