由于公司恶意扣工资从三千八的工资不包括提成，结果被恶意扣除只剩2200，公司新开的都是新员工大家都被这么扣了，我们大部分人都申请辞职 公司不让辞职，说签了自动离职协议就给发工资，结果有一个同事傻傻的签了，后来公司说自动离职一分工资都没有，当作赔偿金。所以我不同意签，到现在也不给我工资。我该怎么处理这件事。

用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。
工资薪金税前扣除标准：
国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握：
1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务；
5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。

对于公司扣工资的问题，如果公司是以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬的，要承担刑事责任。
法律依据： 我国刑法第二百七十六条之一规定：以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

无故克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬)。　　无故克扣工资不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地的最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。　　有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;　　
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;　　
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。