机构每月扣除20%的员工(基本工资)个人风险基金合理吗？

根据《劳动合同法》第85条的规定，用人单位未依照劳动合同的约定或未依照本法规定支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
在用人单位拖欠或未足额发放劳动者报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

依据国家统计局1990年1月1日颁发的《关于工资总额组成的规定》（1990年1月1日局令第1号）和《〈关于工资总额组成的规定〉若干具体范围的解释》，以及劳动部颁发的《工资支付暂行规定》（劳部发[1994]489号）和《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》（劳部发[1995]226号）的有关规定，劳动者的全额工资是指其每月所收入的基本工资（又称标准工资）与辅助工资（又称非标准工资）之总和，即实得工资。劳动者基本工资是根据劳动合同约定或国家及企业规章制度规定的工资标准计算的工资。
例如工资总额组成中的计时工资、计件工资就是基本工资。再具体些说，实行结构工资制的单位支付给职工的基础工资和职务（岗位）工资均属基本工资。劳动者的辅助工资是指基本工资以外的各种工资。
例如奖金、津贴和补贴、加班加点工资、附加工资、保留工资等等。

根据《劳动合同法》第二条的规定，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。民办非企业单位等组织包括民办非企业单位、基金会、合伙合作律师事务所等组织。
国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。
实践中事业单位人员的构成是由公务员或参照公务员管理的人员；实行聘用制的人员；一般劳动者。
由公务员或参照公务员管理的人员不适用《劳动合同法》，一般劳动者适用《劳动合同法》，实行聘用制的人员部分适用。《劳动合同法》"附则"规定：“事业单位与实行聘用制的工作人员订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，法律、行政法规以及国务院另有规定的，依照其规定；未作规定的，依照本法有关规定执行。
”将实行聘任制的工作人员交由法律、行政法规以及国务院来来决定，部分适用于事业单位，扩大了调整范围。
因此，你的情况属于那一种情况，我也无法确定。如果是公务员或参照公务员管理的人员的话就不适用劳动合同法；如果是实行聘用制的人员，那么部分适用劳动合同法。