我们没有结婚证，孩子在我家户口本上，现在我们要分开了，孩子该怎么办

没有结婚生孩子当然是没有办理计划生育手续，属于违法生育，如果计划生育部门发现会处理。但和上户口是两回事。
现在公安部关于新生儿入户一般只需要孩子的出生证明，孩子父母的结婚证，身份证户口本即可以办理入户手续，不再计划生育等部门证明。
关于你没有结婚属于非婚生子女入户，需要提供申请人和入户人的亲子鉴定，凭鉴定结论入户，非婚生子女优亲子鉴定证明由公安机关指定鉴定机构鉴定后出具。

谁对孩子的成长有利谁获得孩子的抚养权。婚姻关系中的配偶一方同时也是独立的民事主体，享有作为自然人的人身权利和人格尊严，另一方负有尊重配偶这些权利的义务。在婚姻关系中，侵犯这些权利的行为主要包括家庭暴力和虐待。
　　第三十六条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。　　离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。
哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。　　第三十七条离婚后，一方抚养的子女，另一方应负担必要的生活费和教育费的一部或全部，负担费用的多少和期限的长短，由双方协议;协议不成时，由人民法院判决。
关于子女生活费和教育费的协议或判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或判决原定数额的合理要求。　　第三十八条离婚后，不直接抚养子女的父或母，有探望子女的权利，另一方有协助的义务。
行使探望权利的方式、时间由当事人协议;协议不成时，由人民法院判决。

按照法律规定，没有领取结婚证的夫妻不是合法的夫妻，是不能离婚的。因为既然不是法律上的夫妻，自然也不用走法律上规定的离婚程序。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释》第五条规定：“未按婚姻法第8条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到法院要求离婚的，应当区别对待：
1、1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施前，男女双方已符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理。
2、1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记;未补办结婚登记的，按非法同居关系处理。”