持有股份的协议受法律保护吗？它在公司层面得到认可吗？如何保护股东的利益？

股权代持协议有法律效力。
　　《中华人民共和国合同法》
　　第三百九十六条　委托合同是委托人和受托人约定，由受托人处理委托人事务的合同。
　　第三百九十七条　委托人可以特别委托受托人处理一项或者数项事务，也可以概括委托受托人处理一切事务。
　　《中华人民共和国公司法》
　　第一百零六条　股东可以委托代理人出席股东大会会议，代理人应当向公司提交股东授权委托书，并在授权范围内行使表决权。

　　《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定
（三）》
　　第二十四条
有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。

　　前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。

　　实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满30日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。 有限责任公司变更登记应提交的文件、证件：?
1、《企业变更（改制）登记（备案）申请书》。请根据不同变更事项填妥相应内容）；
2、《指定（委托）书》；
3、《企业法人营业执照》正、副本；
4、变更下列事项的，还需要提交以下文件、证件： 股东转让股权：
（1）股东会决议（股东之间转让全部或部分股权的可不提交决议）；
（2）股权转让协议；
（3）涉及本市国有产权转让的，应提交北京产权交易所有限公司出具的《产权交易凭证》；涉及中央国有产权转让的，应提交中央企业国有产权交易试点机构出具的《产权交易凭证》；涉及外埠国有产权转让的，可依据国有产权属地政府有关规定，提交规定的产权交易机构出具的产权转让交割文件或国有资产管理部门出具的产权转让批准文件；
（4）股东发生变化的应提交新股东的资格证明。

具体情况具体分析，例如，变更公司股权需要提供的资料：
1、法定代表人签署的《公司变更(备案)登记申请书》；
2、企业申请登记委托书原件(可在申请书内填写)；
3、经办人身份证明(复印件，核对原件)；
4、由企业登记代理机构代理的，同时提交企业登记代理机构营业执照(复印件，须加盖本企业印章，并注明“与原件一致”)；
5、根据公司章程的规定和程序提交的决议或决定(原件)；
6、向原股东以外的人转让的，提交新股东的主体资格证明；
7、公司章程修正案或新的公司章程(法定代表人签署)；
8、股权转让协议；
9、股东的资格证明复印件(核对原件)；
10、企业法人营业执照正本、副本原件；法律、行政法规及国务院决定规定变更股权必须报经审批的，提交有关部门的批准文件。